Под заголовком «Бандитский Петербург» выходил цикл статей криминального репортера Андрея Баконина об организованной преступности города. Журналист, работавший под псевдонимом Андрей Константинов, возглавлял Агентство журналистских расследований, исследовал историю криминала и читал лекции на журфаке, а также писал популярные остросюжетные романы.
Первым экранизировать Константинова захотел режиссер Валерий Огородников. По его просьбе журналист написал сценарий по своим романам «Адвокат» и «Адвокат-2», но денег на съемки не нашлось. Через какое-то время права на экранизацию у Огородникова выкупил режиссер Владимир Бортко. Вместе с Константиновым они доработали уже существующий материал, вдобавок был дописан сценарий по роману «Журналист-2».
Первый «Журналист» не имел отношения к сериалу: он был посвящен работе главного героя военным переводчиком. Главного героя обоих «Журналистов» Андрея Обнорского Константинов списал с самого себя: он окончил Восточный факультет Ленинградского университета и работал в Южном Йемене и Ливии, а потом ушел в криминальную журналистику.
В роли журналиста Обнорского автор сценария видел только Александра Домогарова, но ему пришлось отстаивать актера перед режиссером: Бортко неожиданно для многих видел в этой роли Дмитрия Нагиева. Они заключили сделку: Обнорского играет Домогаров, но Катю тогда — Ольга Дроздова, которую Константинов не видел в роли роковой женщины. У Кати был прототип, но в сценарии героиня изображена более хитрой и опасной, чем реальная женщина.
После выхода первой части под названием «Барон» разразился скандал. По сюжету журналист Обнорский узнает от старого вора, что из Эрмитажа давным-давно похищена ценная картина, а в самом музее висит копия, и это не единственная копия в музее. Это вызвало негодование у директора Эрмитажа, он обвинил Константинова в очернительстве и выступил с громким опровержением в СМИ. Завязку сюжета взяли из жизни: в 1985 году сумасшедший посетитель музея выплеснул серную кислоту на «Данаю» Рембрандта, и картина 12 лет находилась на реставрации.
У Барона из первой части сериала был прототип — вор в законе Юрий Алексеев по прозвищу Горбатый. Он хорошо знал антиквариат и «работал» именно по нему, а кличку получил за то, что менял внешность, имитировал горб и пускал милицию по ложному следу. Горбатый участвовал в громких антикварных делах, но при этом активно препятствовал вывозу предметов искусства за рубеж. Во время последнего тюремного срока вор дал интервью Константинову и даже рассказал о тайнах запасников Эрмитажа. На его роль режиссер хотел взять Олега Ефремова, но актер не смог играть по состоянию здоровья, и Бароном стал Кирилл Лавров.
С реального персонажа был списан и зловещий Антибиотик — крестный отец питерского преступного мира Виктор Павлович Говоров. Есть несколько версий того, кто это, но Константинов хранит тайну: «Прототип Антибиотика был одним из самых серьезных людей в Петербурге, и не назову я его только потому, что дружили с ним и артисты, и чиновники самого высокого ранга». Зато известно, что образ авторитета по имени Гурген связан с фигурой Отари Квантришвили.
На роль Антибиотика без проб приглашали Михаила Ульянова, но тот не мог сниматься, и тогда все так же без проб утвердили Льва Борисова. Антибиотик стал главным и самым ярким персонажем в фильмографии актера. Лев Борисов старался сыграть его так, чтобы в этом герое — олицетворении зла — чувствовались душа и совесть. Актер не ожидал, что после выхода сериала он станет кумиром бандитов всей России: к нему подходили, благодарили, просили автографы и предлагали услуги.
В «Бандитском Петербурге» снимались и спортсмены, и охранники, и сами бандиты. У Константинова было множество знакомых в криминальных кругах, и они с удовольствием приезжали участвовать в эпизодах и массовке: развлечься, создать нужную атмосферу, а кое-где и проконсультировать актеров. Ольга Дроздова очень волновалась перед съемкой драки в тюрьме: ее соперницей должна была быть девица с криминальным прошлым. В назначенный час та не приехала, и актриса с облегчением «подралась» с ассистенткой режиссера.
Ради экономии «Бандитский Петербург» снимали на видеопленку — она давала меньшую четкость изображения, зато стоила гораздо дешевле. Дублей почти не делали: не зря режиссер тщательно подбирал опытную команду. При этом актеры снимались за копейки — например, исполнитель роли второго плана Олег Басилашвили получал 100 долларов за съемочный день. Исполнитель главной роли Дмитрий Певцов в день зарабатывал 300 долларов, и они с Арменом Джигарханяном были одними из самых высокооплачиваемых актеров.
Музыку к сериалу создал композитор Игорь Корнелюк. Владимир Бортко попросил его писать как для мелодрамы. Режиссер говорил, что это не сериал, а «длинное кино», причем не криминальное, а про любовь. После «Бандитского Петербурга» песня «Город, которого нет» стала так популярна, что вокруг нее постоянно была шумиха: автора обвиняли в плагиате, звукозаписывающая компания судилась за саундтрек с создателями мелодий для мобильников, а фигурист Евгений Плющенко сделал под эту музыку произвольную программу.
К третьей части «Бандитского Петербурга» Владимир Бортко переключился на подготовку к съемкам «Мастера и Маргариты», и режиссером «Краха Антибиотика» стал Виктор Сергеев. Работа пошла не столь слаженно, половины актеров в новом сюжете уже не было, а в разгар съемок сериал покинула и Ольга Дроздова: на площадке актрису покусала собака, и после лечения она не вернулась. После выхода третьей части интерес к сериалу стал ослабевать, а Константинов был так недоволен этой работой, что снял свое имя из титров.
